"Правовая инициатива по России" в течение многих лет работает в сотрудничестве с другими правозащитными организациями и выражает им благодарность за постоянную поддержку. В их числе:
- Amsterdam International Law Clinic
- Chechnya Advocacy Network
- Европейский центр защиты прав человека (EHRAC)
- Хьюман Райтс Вотч
- Международная хельсинкская федерация за права человека
- Мемориал
- Московская хельсинкская группа
- Нижегородский комитет "Против пыток"
- Норвежский хельсинкский комитет
- PAX Netherlands
- Civil Rights Defenders
- Мировая организация против пыток
- Институт права и публичной политики
С 2008 года - после российско-грузинского конфликта, который произошел в августе этого года - "Правовая инициатива" сотрудничает с "Ассоциацией молодых юристов Грузии" (GYLA) и ведет вместе с этой организацией дела из Южной Осетии и Грузии.
Дела о нарушениях прав человека в РФ ведут российские партнеры Фонда: организации "Правовое содействие - Астрея" и НОФ "Правовая инициатива".